Sebaik masyarakat pertanian berhijrah dari pusat-pusat pembelajinakan sambil membawa pendamping bela jinak mereka bersama, mereka bertembung dengan populasi haiwan liar bagi spesies sama atau spesies bersaudara. Oleh sebab haiwan bela jinak kerap mengongsi leluhur bersama terkini dengan populasi liar, haiwan bela jinak mampu menghasilkan anak subur. Populasi bela jinak adalah kecil berbanding dengan populasi liar di sekitar, dan pengacukan berulang antara kedua-duanya akhirnya menjadikan populasi bela jinak lebih mencapah secara genetik daripada populasi sumber bela jinak aslinya.[39][59]

Kemajuan teknologi penjujukan DNA membolehkan genom nuklear untuk dicapai dan dianalisis dalam rangka kerja genetik populasi. Resolusi meningkat bag jujukan-jujukan nuklear telah menunjukkan bahawa aliran gen adalah umum, bukan hanya antara populasi bela jinak yang pelbagai secara geografi bagi spesies sama tetapi juga antara populasi bela jinak dengan spesies liar yang tidak pernah membangkitkan populasi bela jinak.[7] Trait tungkai kuning yang dimiliki oleh banyak baka ayam komersial moden diperoleh melalui introgresi daripada ayam hutan kelabu yang asli di Asia Selatan.[7][60] Lembu Afrika merupakan kacukan yang mempunyai kedua-dua isyarat mitokondrion ibuan lembu tauran Eropah dan tanda kromosom Y bapaan zebu Asia.[7][61] Banyak spesies bovid lain, termasuk bison, yak, banting, dan seladang juga mengacuk dengan mudah.[7][62] Kucing[7][63] dan kuda[7][64] telah ditunjukan mengacuk dengan banyak spesies yang berkait rapat, dan lebah madu bela jinak telah mengawan dengan sangat banyak spesies berlainan sehingga kini mempunyai genom yang lebih boleh ubah berbanding dengan leluhur liar aslinya.[7][65] Data arkeologi dan genetik mencadangkan bahawa aliran gen dwiarah jangka masa panjang antara stok liar dengan stok bela jinak – termasuk keldai, kuda, camelid Dunia Baru dan Dunia Lama, kambing, biri-biri, dan babi – adalah umum.[7][17] Aliran gen dwiarah antara rusa kutub bela jinak dengan rusa kutub liar berterusan kini.[7]

Akibat introgresi ini, populasi bela jinak moden kerap dapat kelihatan mempunyai kesemendaan genom lebih tinggi dengan populasi liar yang tidak pernah terlibat dalam proses pembelajinakan asli. Maka, ada cadangan bahawa istilah "pembelajinakan" patut dikhususkan hanya untuk proses awal pembelajinakan bagi populasi diskret dari segi masa dan ruang. Percampuran ikutan antara populasi bela jinak dengan populasi liar setempat yang tidak pernah dibelajinakkan patut dirujuk sebagai "tangkap introgresif". Penggabungan kedua-dua proses ini mengeruhkan pemahaman tentang proses asli dan dapat membawa kepada pengembungan bilangan kali peristiwa pembelajinakan.[7][39] Introgresi ini, dapat sesetengah peristiwa, dapat dianggap sebagai introgresi adaptif, seperti yang diperhatikan pada biri-biri bela jinak oleh sebab aliran gen dengan mouflon Eropah liar.[66]

Percampuran kekal antara populasi anjing dengan populasi serigala berlainan di serata Dunia Lama dan Dunia Baru selama sekurang-kurangnya 10,000 tahun lalu telah mengaburkan tanda-tanda genetik dan usaha-usaha buntu para penyelidik untuk penentuan titik asal usul anjing.[23] Tidak ada populasi serigala moden yang berkaitan dengan serigala Pleistosen yang pertama kali dibelajinakkan,[7][67] dan kepupusan serigala yang merupakan leluhur langsung bagi anjing telah mengeruhkan usaha untuk menentukan titik bagi masa dan tempat pembelajinakan anjing.[7]